Des bactéries intestinales associées au diabète de type 2

Le diabète de type 2 (T2D pour « Type 2 Diabetes ») est la maladie endocrinienne la plus répandue dans le monde. Elle est connue pour être influencée par des composantes génétiques et environnementales. Des chercheurs de l’Inra associés à des équipes chinoises au sein du projet MetaHIT ont mis en évidence que la présence de certaines espèces de bactéries dans le tube digestif humain était corrélée au T2D. Ces résultats publiés le 26 septembre 2012 dans la version en ligne de Nature ouvrent de nouvelles perspectives de recherche sur les relations entre microbiote et pathologies humaines ainsi que pour des diagnostics précoces du T2D.

Séquenceur METAQUANT utilisé pour l'étude. ©INRA/BEAUCARDET William

L’étude des bactéries de l’intestin (microbiote intestinal) est devenue un secteur de recherche important en santé humaine. Jusqu’à présent, les recherches consistant à analyser les marqueurs génétiques sous-jacents au T2D se faisaient principalement par l'utilisation d’études d'association pangénomique(1). Elles reposaient sur l’identification de composants génétiques dans le génome humain. Récemment, des recherches ont indiqué que le risque de développer un T2D pouvait également impliquer des facteurs liés au génome bactérien (le métagénome) contenu dans notre tube digestif.

Des chercheurs de l’Inra de Jouy-en-Josas associés à des équipes chinoises, ont étudié quelles espèces microbiennes pouvaient être associées au T2D. Les chercheurs ont développé un protocole expérimental pour une large étude d'association métagenomique dite MGWAS (pour « Metagenome-Wide Association Study ») permettant d’analyser le contenu microbien de l'intestin de patients atteints de T2D. Cette méthode, basée sur le séquençage de l'ADN microbien extrait d’échantillons de selles, a été réalisée sur un total de 345 patients chinois atteints de T2D et de personnes contrôles non diabétiques.

Les chercheurs ont identifié et validé environ 60 000 gènes marqueurs associés au T2D. Les patients atteints de T2D présentent de manière globale un certain déséquilibre de leur microbiote intestinal (observé par la présence/absence des 60 000 gènes identifiés) et des différences significatives concernant différentes fonctions microbiennes. Certaines bactéries universelles productrices de butyrate (anti-inflammatoire) sont moins abondantes chez ces patients, divers microbes pathogènes opportunistes sont plus nombreux et certaines fonctions microbiennes telles que la réduction de sulfate et la protection contre le stress oxydant sont amplifiées. Une analyse de 23 individus additionnels a confirmé que ces marqueurs microbiens intestinaux permettent de dépister efficacement des patients atteints de T2D.

Ces résultats sont essentiels, à la fois pour comprendre le rôle du métagénome intestinal dans le T2D ou dans d'autres maladies, et pour développer des approches thérapeutiques, si des études ultérieures permettent de caractériser comment le microbiote intervient dans le l’apparition et le développement de cette maladie courante.

(1) Une étude d'association pangénomique est une analyse de nombreuses variations génétiques dans le génome de nombreux individus d’une même espèce, afin d'étudier par exemple leurs corrélations avec des pathologies.

Source: Junjie Qin et al. A Metagenome-Wide Association Study of gut microbiota in Type 2 Diabetes. Nature, 26 septembre 2012.